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この原虫の伝搬にはマダニ（主としてフタトゲチマダニ）が媒介動物として働く、マダニ類は卵⇒幼ダニ⇒若ダニ⇒成ダニの発育段階をとり、卵を除くそれぞれのステージで動物に寄生して吸血する。産卵時には必ず地上に落下し、そこで孵化した幼ダニは新たな宿主をさがす。原虫に感染している犬を、媒介動物であるマダニの成ダニが吸血して産卵する際に、バベシア原虫はダニの卵巣を通過して卵に移行する。幼ダニが孵化すると原虫はその体内で一定の発育を行って感染力を獲得したのちダニの唾液腺に集まって感染の機会を待つ。幼ダニが宿主に寄生し、吸血を行う際には多量の唾液を宿主体内に注入するので原虫は唾液にのって新たな宿主に感染する。注入された原虫は赤血球に侵入し、そこで二分裂により増殖して赤血球を破壊しふたたび新たな赤血球に侵入して増殖を繰り返す。実験的には母犬から直接胎児に感染することも報告されている。